De acuerdo con la DMA, se reconocen explícitamente los usos específicos, de alto valor económico y social, desarrollados por los puertos. De este modo, las aguas portuarias son reconocidas también como masas de agua muy modificadas (HMWB por sus siglas en inglés). Dicho reconocimiento justifica la reducción de los objetivos ambientales para cumplir, entonces, con el denominado buen potencial ecológico. 
En definitiva, PORTONOVO pretende estandarizar una metodología para la gestión de las aguas portuarias ubicadas a lo largo del Área Atlántica.  PORTONOVO genera un marco transnacional y multidisciplinar de cooperación entre 11 socios pertenecientes a cuatro de las cinco regiones elegibles del Área Atlántica con el propósito de abordar problemas comunes y generar soluciones en el campo de la calidad de las aguas portuarias. Este esfuerzo combinado creará un impacto mucho mayor que aquel que pudiera crear cada socio de forma independiente. [+]